主线副本是少年三国志2的核心玩法之一，玩家需要通过消耗体力挑战不同章节的剧情关卡。进入方式为点击主城界面右下角的红色副本图标，随后会显示当前所处的章节地图。已通关的关卡可使用扫荡功能快速完成并获得奖励，但首次挑战需手动操作以确保三星通关。每个章节累积星数可开启额外宝箱，内含金币、装备等实用资源。
根据敌方兵种属性选择相克制的武将，优先培养2-3名核心武将而非平均分配资源。主力输出建议放置于1、4号位规避集火，2号位需配置高防御武将吸收伤害，3、5号位可放置次要角色。贾诩等特定敌人的攻击会优先锁定3号位，需注意站位调整。武将品质方面，群雄阵营成型较慢但爆发力强，吴国灼烧流需要耐心培养，蜀国和魏国则相对均衡稳定。
截江符能为前排提供最高35%的闪避加成，地刺符的定点减怒效果可有效限制敌方技能释放。针对80关等高难度副本，建议搭配救苍生、撼天冰封等具有群体治疗或控制效果的兵符。装备精炼需优先提升主力武将的攻击或防御属性，通过副本扫荡获取强化材料时应注意保留体力用于关键章节挑战。
面对高防御敌人时应选用破甲型武将，群体输出型敌人则需加强前排防御。手动操作时可精准控制技能释放时机，优先击杀敌方治疗单位或核心输出。卡关时可回顾战斗过程，分析失败原因并针对性强化武将等级、装备或调整阵型。隐藏关卡和探索区域往往包含稀有道具，通关后建议重新搜索全图。
