植物变异是通过特定杂交操作实现的玩法，核心流程包括购买变异种子、采集花粉、授粉及等待变异完成。首先需要前往梅森的花园商店购买标注变异标签的种子，这类种子具有杂交变异的潜力。播种时需选择同一品种但不同颜色的花朵种子，例如粉色与蓝色满天星组合，这是触发变异的基础条件。成熟后的植物会出现花粉瓶标志，需使用农具栏中的花粉瓶采集花粉，并将采集到的不同颜色花粉对目标植物进行授粉操作。
授粉成功后植物会进入变异等待期，期间可使用化肥加速生长过程。变异成功率受天气因素影响，部分特殊天气可能提升变异概率。等待期间需避免用篮子直接收获处于授粉状态的植物，否则会中断变异进程。成功变异的植物会在生物图鉴的变异植物栏目中解锁对应图鉴，同时获得园艺值奖励。对于太空种子这类特殊品种，变异完全随机且不可控，只能通过持续种植积累数量来提高变异几率。
变异植物的具体配方遵循颜色杂交规律，例如红色牵牛花加紫色牵牛花粉可产出蓝色牵牛花。部分特殊植物如西瓜草需要通过跨种类杂交实现，西瓜与毛毛花、七色花等花卉组合均有概率生成。游戏内提供的神奇配方道具可小幅提升变异成功率，建议在稀有品种杂交时使用。变异肥料也是重要辅助工具，在授粉后施加能进一步增加变异可能，但需注意同类植物才能互相授粉的基本准则。
太空种子作为活动限定品种，其变异机制较为特殊。种植后需保持在线状态直至成熟，中途下线可能导致变异几率归零。通过土伯伯或梅森处获取的太空茄子、太空彩椒等种子，成熟后有概率变为体型异常的变异农作物。这些变异产物可用于兑换航天主题家具，但兑换优先级需根据个人收集需求合理安排。部分玩家反馈通过茜茜的占卜提升运气值可能影响变异概率，但该机制尚未得到官方确认。
长期进行植物变异需注意资源管理，建议优先完成植物杂交任务获取初级花粉瓶等必备工具。梅森商店每日刷新的变异种子存在购买限制，需要规划好种植周期。对于失败率较高的杂交组合，可通过提升庄园等级来解锁更高级别的种植技能，这些技能可能包含增加变异率的被动效果。同时保持家园整洁度也能间接优化种植环境，但具体影响程度仍需实践验证。
