要前往二之岛，首先需要完成关都地区的主线剧情，包括击败8个道馆馆主和四天王，成为宝可梦联盟冠军。之后前往真新镇与大木博士对话，获得前往群岛的资格。在塞莉市镇找到大木博士的助手领取行船票，这是前往各岛屿的关键道具。持有船票后返回塞莉市南部的海港，与渡轮海狮号对话选择目的地即可启程。需游戏进程未达到条件时，渡轮不会开放航线。
完成上述步骤后，首次航行会默认前往一之岛。在一之岛的宝可梦网络中心会触发剧情，遇到正辉和他的朋友阿锦。这段剧情会解锁后续岛屿的通行权限，并获得三岛通行证。再次与渡轮海狮号对话，目的地菜单将新增二之岛选项。选择该选项后，角色会被运送至二之岛的码头区域。航行过程中没有战斗或特殊事件，属于纯过渡场景。
抵达二之岛后，首要目标是探索欢乐游戏厅，这里会触发寻找小迷的支线任务。该任务涉及后续岛屿的通关条件，需优先完成。二之岛的地形分为歧波海湾和树果森林两片主要区域，前者可通过冲浪抵达并获取PP最大剂等道具，后者需要解决素利拍挡路事件。在树果森林深处击败素利拍后，返回欢乐游戏厅交任务可获得月之石奖励。
二之岛的核心挑战位于灯火山，此处需使用秘传技能岩石粉碎清除障碍。山顶栖息着传说宝可梦火焰鸟，等级50且会使用飞翔技能，建议提前准备幽灵系或岩石系宝可梦应对。战斗前务必保存游戏进度，火焰鸟逃跑后不会再次出现。灯火山内部存在多层迷宫结构，部分区域需要推动岩石开路，建议携带充足的治疗道具。
