二周目开启的关键条件是通关一周目并收集60种以上精灵图鉴。这时博士会主动来找你升级全国图鉴，随后前往库吉市码头坐船前往1号岛触发新剧情。二周目主要围绕七岛任务展开，包括寻找红蓝宝石、解决火箭队余党事件等，最终目标是捕捉三神鸟和超梦等传说宝可梦。
在1号岛的网络中心会接到修复机器的任务，需要前往灯火山获取红宝石。途中会遇到两个火箭队成员，击败他们后进入山洞深处找到红宝石。带着宝石返回网络中心会获得彩虹通行证，这时就能自由穿梭各个岛屿了。4号岛上能遇见劲敌但不会对战，在科拿家右侧的冰洞中可以获得攀瀑技能，这是推进剧情的重要道具。
5号岛的火箭队仓库需要密码才能进入，这个密码在6号岛的洞穴深处获取蓝宝石时由神秘人留下。仓库右上角藏着蓝宝石，击败守卫后就能拿回宝石。完成这个任务后返回1号岛交付宝石，设备修复后就能实现与宝石版游戏的通信功能。7号岛的训练师塔是提升队伍实力的好地方，里面的训练家实力很强但经验值丰厚。
捕捉传说宝可梦是二周目的终极目标。无人发电厂深处藏着闪电鸟，双子岛需要推石头改变水流才能遇见急冻鸟，火焰鸟则在灯火山顶层等待。超梦位于华蓝洞窟最深处，建议准备充足的治疗道具和高级精灵球。这些神兽等级都在60级以上，合理利用属性克制和异常状态能提高捕捉成功率。
